Suuri osa kurkijokelaisista sijoitettiin Loimaan seudulle, joten Säätiön kotipaikaksi merkittiin Loimaan maalaiskunta. Alkupääomaa Säätiöllä oli 272 000 mk. Alusta alkaen toiminnan tarkoituksena on ollut entisen Kurkijoen kunnan asukkaiden ja heidän perillistensä henkisten ja taloudellisten pyrkimysten tukeminen sekä karjalaisen yhteishengen vaaliminen.
Vuonna 1999 Kurki-Säätiön nimi saatiin muutettua Kurkijoki-Säätiöksi. Säätiön hallinto koostuu vuosittain kokoontuvasta 12-jäsenisestä valtuuskunnasta, jolla on sääntöjen mukaan ylin päätäntävalta sekä myös valvontaoikeus ja -velvollisuus Säätiötä koskevissa asioissa. Käytännön syistä juoksevat asiat päättää 5-jäseninen hallitus, jonka jäsenet valtuuskunta valitsee. Lisäksi käytännön toiminnasta huolehtivat tarvittaessa erikseen nimetyt toimikunnat. Sanomalehti Kurkijokelaisen toimitusneuvostona on Kurkijoki-Säätiön hallitus.
Säätiön toiminnan tavoitteet ovat 2000-luvulla perustaltaan samat kuin sitä sotien jälkeen perustettaessa. Jokakesäiset pitäjäjuhlat Loimaalla, kotiseutumatkojen järjestäminen ja viikottain ilmestyvän Sanomalehti Kurkijokelaisen julkaiseminen ovat kenties näkyvin osa Kurkijoki-Säätiön toimintaa. Kurkijoki-Museo vaalii kurkijokelaisia perinteitä erityisen konkreettisesti. Esineistöä, asiakirjoja, valokuvia ja haastatteluja on talletettu vuosien saatossa mittava määrä, ja perinneameiston saattaminen digitaaliseen muotoon alkanee aivan lähitulevaisuudessa.
Säätiö on julkaissut monia Kurkijoki-aiheisia kirjoja. Lisäksi sen kautta voi hankkia muun muassa viirejä ja muistomitaleja.